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Le Japon exploite le réseau ferroviaire le plus avancé technologiquement du monde, dominé par le Shinkansen (train à grande vitesse), la Compagnie des chemins de fer de l'Ouest du Japon (JR West), la Compagnie des chemins de fer du Japon de l'Est (JR East), et la Compagnie des chemins de fer du Japon Central (JR Central). Le Shinkansen opère sur plusieurs lignes principales à des vitesses opérationnelles allant jusqu'à 320 km/h : Tokyo à Osaka en 2,75 heures (515 km), Tokyo à Kyoto en 2 heures 15 minutes, et Tokyo à Hiroshima en 4 heures 30 minutes. Le Shinkansen a un taux de ponctualité stupéfiant d'environ 99,9%, avec un retard moyen d'à peine 1 minute. Le réseau s'étend au-delà de Honshu vers Hokkaido (via le tunnel Seikan, l'un des plus longs du monde) et Kyushu. Les JR Lines en-dehors du Shinkansen desservent pratiquement chaque ville et village du Japon avec d'excellente couverture et synchronisation. Les pass JR (Japan Railways) pour les visiteurs étrangers offrent un excellent rapport qualité-prix pour les voyageurs en boucle à travers plusieurs régions. Les trains de nuit (Sleepers) sont populaires et fonctionnent sur des itinéraires clés, offrant une alternative confortable et économique aux hôtels. Les services locaux et régionaux utilisent une variété de matériel roulant coloré et thématisé, y compris les trains à décor décalé pour les sites touristiques.